En el caso de los derivados de técnicas biotecnológicas se tiende a regularlos bajo los regímenes generales (recurriendo al concepto de equivalencia sustancial
entre un alimento biotecnológico y otro parecido convencional), con requerimientos adicionales en el caso de que el alimento cambie alguna propiedad esencial respecto de la versión convencional (JONAS, 1996) .
Existe el consenso virtual de que un alimento derivado de biotecnología no plantea riesgos nuevos por el simple hecho de haber sido obtenido por esta técnica.
En ciertos círculos se ha expresado la preocupación de la posible alergenicidad de alimentos transgénicos. Aunque ha habido
algún caso de reacciones alérgicas ante algún alimento procedente de manipulación genética, no parece que las proteínas recombinantes sean en principio más alergénicas. En general, cualquier proceso tecnológico que elabore alimentos de formas complejas tiene algún riesgo en este sentido. Este tema se complica además por el hecho de que el estudio científico sobre las alergias alimentarias está aún lleno de lagunas.
En la mayor parte de las encuestas de opinión, amplios sectores del público
se decantan por que se etiquete a los alimentos derivados de Ingeniería Genética de forma especial, algo a lo que en principio son reacias las empresas del sector, ya que temen que ello suponga una "estigmatización" indebida de sus productos, como si hubiera algo anómalo en ellos por el simple hecho de haber empleado una tecnología determinada en su fabricación. El etiquetado específico de productos alimentarios biotecnológicos se ha introducido ya en algunos países, y es una opción
que pretende implementar la Unión Europea próximamente.
De todas maneras, se tenderá a "diluir" el etiquetado de los alimentos transgénicos en normativas amplias que favorezcan una información detallada de las cualidades y proceso de fabricación de los alimentos en general, atendiendo demandas de los consumidores, que cada vez desean más estar al tanto de todo lo que puede afectar a su salud y nutrición. Ello además daría satisfacción a grupos religiosos que tienen creencias y
normativas sobre el consumo de determinados alimentos.
La cuestión del etiquetado especial para los alimentos transgénicos ha sido muy polémico en los EEUU y Reino Unido. Se ha dado incluso un efecto "boomerang": una cadena británica de supermercados ha montado un campaña publicitaria llamando la atención sobre el hecho de que una marca de queso que comercializa está fabricada con quimosina obtenida por Ingeniería Genética, y por lo tanto "libre de productos de origen
animal" (el queso normal se obtiene añadiendo quimosina de rumiantes), lo que la haría más aceptable para los consumidores lacto-vegetarianos
